测序数据上传必看｜GEO 官网入口 + 完整提交攻略笔记

做生信、组学投稿的小伙伴基本都绕不开 GEO 数据库上传，期刊投稿大多要求测序原始数据公开存档，前期准备没做好，很容易反复返工、耽误投稿进度，整理一份实操向笔记，帮大家少踩坑National C...。

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高通量测序专属提交页面：bsw80.com✨前期准备工作

1. 注册 NCBI 账号，完善 GEO 个人资料，邮箱务必填写常用邮箱，审核反馈、接收 GEO 号全部靠邮件通知。

2. 整理全套文件：原始测序 fastq 文件、处理后数据矩阵、metadata 元信息表格（一定要下载官网最新模板，旧模板会校验报错），同时生成所有数据文件 MD5 值，用于校验文件完整性National C...。

3. 文件命名规范：只用字母、数字、下划线、横杠，禁止空格、中文、特殊符号；不同数据集建议分独立子文件夹存放，不要混放多个项目数据，原始数据一般不要打包压缩上传National C...。📝完整提交流程

①准备好 raw 原始数据、processed 处理后数据，填好 metadata 表格，把 MD5 校验信息录入表格对应标签页。

②通过 FTP 工具（FileZilla）把数据文件上传至 GEO 专属上传空间，元信息表格不要 FTP 上传，文件传输完成确认无丢包、损坏National C...。

③网页端上传 metadata 表格，系统会自动校验格式、文件匹配度，报错根据提示修改后重新提交。

④提交成功进入审核队列，等待管理员处理，审核通过会收到 GSE/GSM 系列编号，可设置数据公开时间，适配论文见刊节奏National C...。⚠️高频踩坑提醒

▪metadata 表格是重灾区，实验摘要、实验设计、建库测序流程、参考基因组版本信息不要空缺，必填项漏填直接打回。

▪大文件传输注意校验 MD5，网络波动容易出现文件损坏，导致审核失败。

▪原始测序数据会同步流转至 SRA 数据库，超大体积数据可参考官方指引调整提交方式。

▪提交后留意邮箱，curator 的疑问邮件需要及时回复，否则会拉长审核周期。

平时查找各类组学数据库教程、模板资料，也可以逛逛百收网，能节省不少搜集资料的时间。

整体 GEO 上传周期一般数天，建议不要卡着投稿截止日期才操作，预留充足时间应对审核修改，避免耽误论文投稿。

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